ВЕСТНИК
Башкирского университета

ENGLISH
Главная Авторам Рецензентам Выпуски журнала Редколлегия Редакция Загрузить статью Подписка ISSN 1998-4812

Архив | Том 25, 2020, No. 2.

АЛГОРИТМЫ ПОИСКА В ЗАДАЧАХ АНАЛИЗА НУКЛЕОТИДНЫХ ПОСЛЕДОВАТЕЛЬНОСТЕЙ С ЦЕЛЬЮ ОДНОЗНАЧНОЙ ИДЕНТИФИКАЦИИ ГЕНОМОВ

Вестник Башкирского университета. 2020. Том 25. №2. С. 285-290.
Download
  • © О. Ю. Кирьянова

    Уфимский государственный нефтяной технический университет

    Россия, Республика Башкортостан, 450064 г. Уфа, ул. Космонавтов, 1

  • © Л. У. Ахметзянова

    Уфимский государственный нефтяной технический университет; Институт нефтехимии и катализа РАН

    Россия, Республика Башкортостан, 450064 г. Уфа, ул. Космонавтов, 1; Россия, Республика Башкортостан, 450075 г. Уфа, пр. Октября, 141

  • © И. М. Губайдуллин

    Уфимский государственный нефтяной технический университет; Институт нефтехимии и катализа РАН

    Россия, Республика Башкортостан, 450064 г. Уфа, ул. Космонавтов, 1; Россия, Республика Башкортостан, 450075 г. Уфа, пр. Октября, 141

В работе представлено сравнение алгоритмов, применяемых при анализе нуклеотидных последовательностей (линейный поиск, алгоритм Кнута-Морриса-Пратта и алгоритм Бойера-Мура). Представлены результаты реализации алгоритма Бойера-Мура для поиска праймеров в последовательностях ДНК. Кроме того, описана методика однозначной ДНК-паспортизации на основе выявленного полиморфизма ДНК при анализе праймеров для полимеразной цепной реакции. Данная методика позволяет проводить однозначную ДНК-паспортизацию геномов, присваивая каждому из них штрих-код. Разработанная программа поиска праймеров реализована на языке программирования Python.

Ключевые слова:

  • паспортизация
  • штрих-код
  • ДНК полиморфизм
  • поиск образца в строке
  • алгоритм
  • Python
  • BioPython
  • pattern search in a string
  • algorithm
  • Python
  • BioPython
  • certification
  • barcode
  • Numba

ЛИТЕРАТУРА

  1. Гасфилд Д. Строки, деревья и последовательности в алгоритмах: Информатика и вычислительная биология. СПб.: Невский Диалект, БХВ-Петербург, 2003. С. 654.
  2. Префикс-функция. Алгоритм Кнута-Морриса-Пратта. URL: https://brestprog.by/topics/prefixfunction/
  3. Смит Б. Методы и алгоритмы вычислений на строках. М.: Вильямс, 2006. С. 496.
  4. Кормен Т., Лейзерсон Ч., Ривест Р., Штайн К. Алгоритмы: построение и анализ / под ред. И. В. Красикова. М.: Вильямс, 2005. С. 1296.
  5. Боровский А. Алгоритмы поиска в тексте. RSDN Magazine. URL: https://rsdn.org/article/alg/textsearch.xml.
  6. Упрощенный алгоритм Бойера-Мура. URL: https://habr. com/ru/post/116725/
  7. Глик Б., Пастернак Дж. Молекулярная биотехнология. Принципы и применение. М.: Мир, 2002. С. 589.
  8. Гарафутдинов Р. Р., Баймиев А. Х., Малеев Г. В., Алексеев Я. И., Зубов В. В., Чемерис Д. А., Кирьянова О. Ю., Губайдуллин И. М., Матниязов Р. Т., Сахабутдинова А. Р., Никоноров Ю. М., Кулуев Б. Р., Баймиев А. Х., Чемерис А. В. Разнообразие праймеров для ПЦР и принципы их подбора // Биомика. 2019. Т 11. №1. С. 23-70.
  9. Чемерис Д. А., Кирьянова О. Ю., Губайдуллин И. М., Чемерис А. В. Дизайн праймеров для полимеразной цепной реакции (краткий обзор комп. прогр. и баз данных) // Биомика. 2016. Т. 8. №3. С. 215-238.
  10. Markoulatos P., Siafakas N., Moncany M. Multiplex polymerase chain reaction: A practical approach // J. Clin. Lab. Anal. 2002. No 16. Pp. 47-51.
  11. Кирьянова О. Ю., Чемерис А. В. Моделирование поиска праймеров в цепи ДНК // Тр. международ. конф. ИТНТ-2019. Самара. 2019. С. 774-778.
  12. Чемерис Д. А., Сагитов А. М., Аминев Ф. Г., Луценко В. И., Гарафутдинов Р. Р., Сахабутдинова А. Р., Василов Р. Г., Алексеев Я. И., Сломинский П. А., Хуснутдинова Э. К., Чемерис А. В. Эволюция подходов к ДНК-идентификации личности // Биомика. 2018. Т. 10. №1. С. 85-140.
  13. Jiang B., Zhao Y., Yi H., Huo Y., Wu H., Ren J., Ge J., Zhao J., Wang F. PIDS: A User-Friendly Plant DNA Fingerprint Database Management System // Genes. 2020, Vol. 11. No 4. P. 373.

Copyright © Вестник Башкирского университета 2010-2020