ВЕСТНИК
Башкирского университета

ENGLISH
Главная Авторам Рецензентам Выпуски журнала Редколлегия Редакция Загрузить статью Подписка ISSN 1998-4812

Архив | Том 23, 2018, No. 4.

QSAR-МОДЕЛИРОВАНИЕ НЕКОТОРЫХ ПРОИЗВОДНЫХ УРАЦИЛА С ВЫРАЖЕННОЙ ИНГИБИТОРНОЙ АКТИВНОСТЬЮ В ОТНОШЕНИИ ДЕЗОКСИУРИДИНФОСФОРИЛАЗЫ

Вестник Башкирского университета. 2018. Том 23. №4. С. 987-993.
Download
  • © В. Р. Хайруллина

    Башкирский государственный университет

    Россия, Республика Башкортостан, 450076 г. Уфа, ул. Заки Валиди, 32

  • © Ю. З. Акбашева

    Башкирский государственный университет

    Россия, Республика Башкортостан, 450076 г. Уфа, ул. Заки Валиди, 32

  • © К. Р. Янгирова

    Башкирский государственный университет

    Россия, Республика Башкортостан, 450076 г. Уфа, ул. Заки Валиди, 32

  • © А. Р. Гимадиева

    Уфимский институт химии УФИЦ РАН

    Россия, Республика Башкортостан, 450054 г. Уфа, просп. Октября, 71

  • © А. Г. Мустафин

    Башкирский государственный университет; Уфимский институт химии УФИЦ РАН

    Россия, Республика Башкортостан, 450076 г. Уфа, ул. Заки Валиди, 32; Россия, Республика Башкортостан, 450054 г. Уфа, просп. Октября, 71

С использованием программы GUSAR 2013 выполнен количественный анализ взаимосвязи между структурой и эффективностью 135 ингибиторов дезоксиуридинтрифосфатазы на основе производных урацила в интервале значений IC50= 30÷185000 нмоль/л. Построено шесть статистически значимых валидных консенсус-моделей, характеризующихся высокой точностью прогноза IC50 для структур обучающих и тестовых выборок.

Ключевые слова:

  • ингибиторы дезоксиуридинфосфорилазы
  • моделирование QSAR
  • программа GUSAR 2013
  • MNA- и QNA-дескрипторы
  • deoxyuridinetriphosphatase inhibitors
  • QSAR modelling
  • GUSAR 2013 software
  • QNA-descriptors
  • MNA-descriptors

ЛИТЕРАТУРА

  1. Toth J., Varga B., Kovacs M., Malnasi-Csizmadia A., Vertessy B.G. Kinetic Mechanism of Human dUTPase, an Essential Nucleotide Pyrophosphatase Enzyme // J. Biol. Chem. 2007. V. 282. P. 33572-33582.
  2. Shlomai J., Kornberg, A. Deoxyuridine triphosphatase of Escherichia coli: purification, properties and use as a reagent to reduce uracil incorporation into DNA // J. Biol. Chem. 1978. V. 25. P. 3305-3312.
  3. Gadsden M. H., McIntosh E. M., Game J. C., Wilson P. J., Haynes R. H. dUTP pyrophosphatase is an essential enzyme in Saccharomyces cerevisiae // EMBO J. 1993. V. 12. P. 4425-4431.
  4. El-Hajj H. H., Zhang H., Weiss B. Lethality of a Dut (Deoxyuridine Triphosphatase) Mutation in Escherichia coli // J. Bacteriol. 1988. V. 170. P. 1069-1075.
  5. Traut T. W. Physiological concentrations of purines and pyrimidines // J. Mol. Cell Biochem. 1994. V. 140. P. 1-22.
  6. Pearl L. H., Savva R. The problem with pyrimidines // J. Nat. Struct. Biol. 1996 V. 3. P. 485-487.
  7. Pugacheva E. N., Ivanov A. V., Kravchenko J. E., Kopnin B. P., Levine A. J., Chumakov P. M. Novel gain of function activity of p23 mutants: activation of the dUTRPase gene expression leading to resistance to 5-fluorouracil // J. Oncogene 2002. V. 21. P. 4595-4600.
  8. Chano T., Mori K., Scotlandi K., Benini S., Lapucci C., Manara M. C., Serra M., Picci P., Okabe H., Baldini N. Differentially expressed genes in multidrug resistant variants of U-2 OS human osteosarcoma cells // J. Oncol. Rep. 2004. V. 11. P. 1257-1263.
  9. Ladner R. D., Lynch F. J., Groshen S., Xiong Y. P., Sherrod A., Caradonna S. J., Stoehlmacher J., Lenz H. J. dUTP nucleotidohydrolase isoform expression in normal and neoplastic tissues: association with survival and response to 5-fluorouracil in colorectal cancer // J. Cancer Res. 2000. V. 60. P. 3493-3503.
  10. Romeike B. F., Bockeler A., Kremmer E., Sommer P., Krick C., Grasser F. Immunohistochemical detection of dUTPase in intracranial tumors // J. Pathol. Res. Pract. 2005. V. 201. P. 727-732.
  11. Vassylyev D.G., Morikawa K. Precluding uracil from DNA // J. Structure 1996. V. 4. P. 1381-1385.
  12. Miyakoshi H., Miyahara S., Yokogawa T., Chong Kh.T., Taguchi J., Endoh K., Yano W., Wakasa T., Ueno H., Takao Y., Nomura M., Shuto S., Nagasawa H., Fukuoka M. Synthesis and Discovery of N-Carbonylpyrrolidine- or N-Sulfonylpyrrolidine-Containing Uracil Derivatives as Potent Human Deoxyuridine Triphosphatase Inhibitors // J. Med. Chem. 2012. V. 55. P. 2960-2969.
  13. Miyahara S., Miyakoshi H., Yokogawa T., Chong Kh.T., Taguchi J., Muto T., Endoh K., Yano W., Wakasa T., Ueno H., Takao Y., Fujioka A., Hashimoto A., Itou K., Yamamura K., Nomura M., Nagasawa H., Shuto S., Fukuoka M. Discovery of a Novel Class of Potent Human Deoxyuridine Triphosphatase Inhibitors Remarkably Enhancing the Antitumor Activity of Thymidylate Synthase Inhibitors // J. Med. Chem. 2012. V. 55. P. 2970-2980.
  14. Патент №8530490 B2 US, Appl. №12/996,079. Uracil compound or salt thereof having human deoxyuridine triphosphatase inhibitory activity / Fukuoka M., Yokogawa T., Miyahara S., Miyakoshi H., Yano W., Taguchi J., Takao Y. Khayrullina V.R., Gerchikov A.Ya., Lagunin A.A., Zarudii F.S. Quantitative Analysis of Structure-Activity Relationships of Tetrahydro-2H-isoindole Cyclooxygenase-2 Inhibitors V// J. Biokhimiya. 2015. V. 80. P. 96-110.
  15. Хайруллина В. Р., Герчиков А. Я., Зарудий Ф. С. Анализ взаимосвязи «структура-ингибирующая активность циклооксигеназы-2» в ряду производных ди-трет-бутилфенола, тиазолона и оксазолона // Вестник Башкирского государственного университета. 2014. Т. 19. №2. С. 417-422.
  16. Zakharov A. V., Lagunin A. A., Filimonov D. A., Poroikov V. V. Quantitative prediction of antitarget interaction profiles for chemical compounds // Chemical Research in Toxicology. 2012. V. 25. №11. P. 2378-2385.
  17. Хайруллина В. Р., Герчиков А. Я., Лагунин А. А., Зарудий Ф. С. Количественный анализ взаимосвязи «структура-активность» ингибиторов циклооксигеназы-2 среди производных тетрагидро-2Н-изоиндола // Биохимия. 2015. Т. 80. С. 96-110.
  18. Lagunin A., Zakharov A., Filimonov D., Poroikov V. QSAR Modelling of Rat Acute Toxicity on the Basis of PASS Prediction // Molecular Informatics. 2011. V. 30. P. 241-250.
  19. Filimonov D. A., Zakharov A. V., Lagunin A. A., Poroikov V. V. QNA based «Star Track» QSAR approach // SAR and QSAR in Environmental Research. 2009. V. 20. №7-8. P. 679-709.
  20. Masanda V. H., Mahajana D. T., Patil K. N., Dawale N. E., Hadda T. B., Alafeefy A. A., Chinchkhede K. D. General Unrestricted Structure Activity Relationships based evaluation of quinoxaline derivatives as potential influenza NS1A protein inhibitors // Der PharmaChemica. 2011. V. 3. P. 517-525.
  21. Roy K., Mitra I., Kar S., Ojha P.K., Das R.N., Kabir H. Comparative Studies on Some Metrics for External Validation of QSPR Models // J. Chem. Inf. Model. 2012. V. 52. P. 396-408.
  22. Roy P. P., Paul S., Mitra I., Roy K. On Two Novel Parameters for Validation of Predictive QSAR Models // J. Molecules. 2009. V. 14. P. 1660-1701.
  23. Roy K., Das R. N., Ambure P., Aher R. B. Be aware of error measures. Further studies on validation of predictive QSAR models // J. Chemom. Intell. Lab. Syst. 2016. V. 152. P. 18-33.
  24. Zakharov A. V., Peach M. L., Sitzmann M., Nicklaus M. C. A New Approach to Radial basis function approximation and Its application to QSAR // J. Chem. Inf. Model. 2014. V. 54. P. 713-719.
  25. Xternal Validation Plus, version 1.2, 2016, DTC Lab., Kolkata, India. URL: https://sites.google.com/site/dtclabxvplus/

Copyright © Вестник Башкирского университета 2010-2021